Disposant de deux paroisses, l’une dépendant du diocèse de Cambrai, l’autre du diocèse de Liège, la cité de Fontaine-l’Evêque cultive l’autre particularité, au Moyen-Âge, de défendre farouchement son indépendance par rapport tant au comte de Hainaut qu’au prince-évêque de Liège. En 1313, la ville est d’ailleurs choisie par les deux voisins comme lieu de réunion pour arbitrer les différends qui pourraient éclater entre le comté de Hainaut et la principauté de Liège.
S’appuyant sur une charte acquise en 1212, les « gens » de Fontaine-l’Évêque présentent plus d’affinités avec les « Liégeois » que leur seigneur attiré par la Cour montoise. À la fin du XIVe siècle, Baudouin VI de Hennin qui tente de substituer le droit de Hainaut à celui de Liège est dénoncé par la Cour de Fontaine, formée des notables de la ville qui se fédèrent à 13 villes de la principauté pour assurer leurs droits (1395). L’aide étant réciproque, Fontaine-l’Evêque participe à la révolte des cités liégeoises contre le prince-évêque et, en 1408, une guerre locale oppose le seigneur à ses vassaux. Suite à cette émeute, Baudouin VII de Hennin choisit de reconnaître la souveraineté exclusive de la principauté de Liège sur Fontaine-l’Évêque (1441).