Après avoir établi ses quartiers militaires à Mons (1579), Alexandre Farnèse (occupé à reconquérir les Pays-Bas en révolte contre Madrid) investit Namur et en fait le centre de son administration civile, le temps de reconquérir l’ensemble des Pays-Bas. Chargée de gouverner les provinces reconquises (avril 1580), Marguerite de Parme s’installe pendant trois années au confluent de la Meuse et de la Sambre (août 1580-septembre 1583). À Namur vient aussi s’installer la Chambre des Comptes de Brabant ; ensuite, c’est le Grand Conseil – jusque-là à Malines – qui prend ses quartiers à Namur. Après le siège et la capitulation de Bruxelles (mars 1585), tous les services sont transférés vers la cité qu’avait choisie Charles Quint et, comme Mons, Namur retrouve un simple statut de capitale, ici du comté de Namur, province des Pays-Bas espagnols.