Après des années difficiles (1554-1584), la Compagnie de Jésus soutenue par Farnèse connaît une nouvelle période de développement dans sa Provincia Belgica. À la mort de Farnèse (1592), les Jésuites se sont implantés solidement dans plusieurs villes importantes et comptent 11 collèges et 5 résidences. Sous les archiducs (1598-1621), la progression est telle que 23 collèges sont en activité dans la « province », tandis que le nombre de « compagnons » atteint presque les 800. Cette expansion conduit à repenser l’organisation administrative de la Provincia Belgica et, par le décret du 10 mai 1612, deux nouvelles provinces autonomes sont créées, respectant le tracé de la frontière linguistique. À côté d’une Flandro-Belgica, la Gallo-Belgica rattache toutes les maisons où l’on pratique le français, ainsi que le collège de Luxembourg où l’allemand domine. La province des Jésuites s’étend à la fois sur les Pays-Bas et la principauté de Liège.