Désigné à la tête de la principauté de Liège en 1581 pour succéder à Gérard de Groesbeek, Ernest de Bavière ne cache pas sa sympathie à l’égard de l’Espagne catholique. Peu énergique lorsqu’il s’agit de défendre la neutralité de la principauté, il garde néanmoins certaines distances afin de ne pas inciter le « parti populaire » à se jeter dans les bras des hérétiques. D’ailleurs, à la suite de Groesbeek mais de manière plus déterminée, il contribue à la restauration de la religion catholique dans la principauté. Favorisant l’implantation des Jésuites, le prince-évêque ouvre un petit séminaire à Saint-Trond (1585), puis le Séminaire de Liège en 1592. En 1605, un collège destiné à la formation des prêtres du diocèse de Liège est fondé à l’Université de Louvain.