En 1559, Philippe II avait nommé Marguerite de Parme gouverneur des Pays-Bas. Suite à la révolte des gueux et aux violences qui éclatent dans le pays, elle prend son congé en 1566 et rentre en Espagne. Vu les succès de Farnèse, Philippe II incite Marguerite de Parme à reprendre sa fonction, en 1579, Alexandre Farnèse étant réduit à une fonction de gouverneur militaire qui ne le satisfait pas. Continuant à s’appuyer sur ses alliés de l’Union d’Arras, il mène les troupes espagnoles de la prise de Maastricht, le 29 juin 1579, à la prise de Tournai, le 30 novembre 1581. En révoquant Marguerite de Parme, le 13 décembre 1581, Philippe II renforce l’autorité d’Alexandre : nommé gouverneur, il contrôle à ce moment, toutes les provinces romanes, de part et d’autre de l’État indépendant de la Principauté de Liège.