Durant l’année 1488, Namur a vu naître une opposition à l’autorité de Maximilien. Une partie des délégués de Namur s’est liguée aux émeutiers. Une fois l’insurrection mâtée, le gouverneur et souverain bailli du comté, Jean de Berghes, prend l’initiative de destituer les « mécontents » du Conseil de Namur et de promulguer une ordonnance réorganisant cet organisme qui va devenir progressivement une puissante institution ne devant rendre des comptes qu’à son souverain (26 juillet 1491).
Placé sous la direction d’un président (souvent non Namurois et désigné par le souverain), le Conseil comprend 20 membres eux aussi désignés par le prince : le président, dix conseillers ordinaires (4 ecclésiastiques, 6 laïques), le procureur, le receveur général des domaines, 7 officiers du comté. Disposant d’un pouvoir toujours plus étendu en matière administrative et judiciaire, ce Conseil va jouer un rôle considérable dans la vie du comté jusqu’à la fin de l’Ancien Régime : le 10 août 1788, l’empereur Joseph II porte à 8 le nombre de magistrats répartis en deux chambres. Au XVIIIe siècle, ce Conseil est la députation permanente du prince dans le comté et devient l’instrument de la centralisation du souverain.